Ορισμός. Βασικά ερωτήματα. Κλάδοι της Βιογεωγραφίας. Σχέσεις με άλλες επιστήμες. Βασικές αρχές. Παρούσα κατάσταση. Ιστορία της Βιογεωγραφίας. Το φυσικό σκηνικό. Κλίμα. Άνεμοι και Βροχοπτώσεις. Το έδαφος. Η δημιουργία του εδάφους. Υδάτινα περιβάλλοντα. Το θερμοκλινές. Μικροπεριβάλλοντα. Η κατανομή των ειδών. Η γεωγραφική εξάπλωση.

Κατανομή των πληθυσμών. Αλλαγή στο χρόνο. Χωρικά πρότυπα αφθονίας. Αλλαγές στα όρια εξάπλωσης. Παραάγοντες που τις επηρεάζουν. Οχλήσεις. Αλληλεπιδράσεις με άλλου ςοργανισμούς. Προσαρμογή και γονιδιακή ροή. Η κατανομή των βιοκοινοτήτων. Χωρικ΄απ΄ροτυπα κατανομής βιοκοινοτήτων. Χρονικ΄απ΄ροτυπα. Χερσαίες μεγακοινότητες. Τροπικό βροχερό δάσος. Τροπικό φυλλοβόλο δάσος. Δάσος αγκαθοειδών. Τροπική σαβάνα. Έρημος. Σκληρόφυλλο μεσογειακό δάσος. Υποτροπικό αειθαλές δάσος. Εύκρατο φυλλοβόλο δάσος. Βόρειο δάσος - Τάιγκα. Εύκρατο βροχερό δάσος. Εύκρατα λιβάδια -στέπες. Τούνδρα. Υδάτινες μεγακοινότητες. Βιοκοινότητες γλυκών υδάτων. Το ιστορικό σκηνικό. Η ιστορία της Γης σε μεγααιώνες, αιώνες, περιόδους, εποχές. Η θεωρία της κίνησης των ηπειρωτικών πλακών (Alfred Wegener 1912). Η διακύμανση της παγκόσμιας θερμοκρασίας. Η δημιουργία των παγετώνων και η δυναμική του Πλειστοκαίνου.

Παγετώνες: Κύριες παγετώδεις περίοδοι. Επιπτώσεις των παγετώνων. Αλλαγές στις κλιματικές ζώνες. Αλλαγές στη στάθμη της θάλασσας. Βιογεωγραφικές επιπτώσεις των παγετώνων. Η απόκριση των οργανισμών. Βιογεωγραφικές αποκρίσεις. Ιστορικά πρότυπα και διεργασίες. Τι είναι είδος. Υποείδη. Μακροεξέλιξη. Μικροεξέλιξη. Εστιγμένη ισορροπία. Επιλογή ειδών. Αλλοπάτρια ειδογένεση. Συμπάτρια ειδογένεση.

Διασπαστική επιλογή. Χρωμοσωμικές αλλαγές. Φυλετική ειδογένεση. Διαφοροποίηση. Προσαρμοστική διαφοροποίηση. Εξαφανίσεις. Πιθανότητα εξαφάνισης. Διασπορά: Αίτια - Περιορισμοί. Η διασπορά ως βιογεωγραφικό φαινόμενο. Διάχυση. Αργή μετανάστευση. Μηχανισμοί μετακίνησης. Παθητική διασπορά. Φράγματα. Φυσιολογικά φράγματα.

Ελληνική Πανίδα: ζωϊκές ομάδες που την απαρτίζουν. Το ιστορικό σκηνικό. Κύριες παγετώδεις περίοδοι των τελευταίων 900.00 χρόνων. Κλίμα και βλάστηση κατ΄ατο Μειόκαινο, Πλειάκαινο, Πλειστόκαινο. Η Παλαιοπανίδα πριν από το Πλειστόκαινο.Η Πανίδα του Πλειστόκαινου. Η Πανίδα των τελευταίων 3000 χρόνων. Ο άνθρωπος. Το φυσικό σκηνικό. Χρήσεις γης. Η Πανίδα της Ελλάδας σήμερα. Ομάδες με μεγάλα ποσοστά παρουσίας στην Ελλάδα. Αριθμός ειδών ανά 1500 km2. Πόσο καλά γνωρίζουμε την πανίδα μας. Πόσα είδη μένει ακόμα να ανακαλυφθούν. Τα όρια των ζωογεωγραφικών περιοχών εξαρτώνται από τους οικολογικούς και τους ιστορικούς παράγοντες.

Κατηγορίες απειλής της ΙUCΝ. Κριτήρια επιλογής. Προτεραιότητες. Ασπόνδυλα είδη σε απειλή. Σπονδυλόζωα είδη σε απειλή. Βασικές απειλές. Απώλεια και υποβάθμιση ενδιαιτήματος. Ρύπανση. Εσκεμμένη και τυχαία θανάτωση.

Θαλάσσιος τροφικός δείκτης. Θρεπτικά σε μεταβατικά, παράκτια και θαλάσσια ύδατα. Δάση: ξυλαπόθεμα, προαύξηση και απολαμβανόμενη ποσότητα ξύλου. Γεωργία: έκταση υπό διαχειριστικές πρακτικές εν δυνάμει υποστηρικτικές για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας. Οικολογικό αποτύπωμα της Ελλάδας. Προοπτική για την βιοποικιλότητα στην Ελλάδα έως το 2020. Εθνική Στρατηγική για την βιοποικιλότητα.

Εξέλιξη της ελληνικής πανίδας από τα 25.000 χρόνια πριν. Συσχέτιση των αλλαγών με παλαιοκλιματικά και παλαιοβιοτικά δεδομένα.Η διαμόρφωση της ελληνικής πανίδας όφείλεται σε ιστορικούς και οικολογικούς παράγοντες: κλιματικοί παράγοντες, υψηλό ποσοστό ενδημισμού, σημαντικές περιοχές ενδημισμού, υψηλός αριθμός ειδών, κατάσταση πληθυσμών, απειλές, αλλοιώσεις και καταστροφές βιοτόπων, μέτρα προστασίας.